La Comisión Directiva es el órgano de gobierno de la REM y tiene como fin fundamental velar por la realización de las orientaciones y políticas emanadas de la Asamblea de Socios y asegurar que las obras mantengan la identidad marianista en sus propuestas educativas y en su estructura organizacional.
El Equipo de Animación es un órgano colegiado que, en diálogo constante con la Comisión Directiva, gestiona los centros educativos de la REM, administrando sus bienes, proponiendo planes de formación pedagógico-pastoral y asegurando la identidad de los mismos mediante el desarrollo de las Características de la Educación Marianista.
El Consejo Asesor está constituido por los Rectores y Representantes Legales de cada una de las obras que integran la Red Educativa Marianista. Este Consejo se reúne con periodicidad para trabajar colaborativamente junto al Equipo de Animación en todo lo referente a la gestión de la red, actividades en común, líneas de acción, proyectos y desafíos.